이재명 정부의 2025년 세제개편안은 중소기업의 연구개발 투자 여력을 키우기 위해 국가전략기술·신성장·원천기술 R&D 세액공제를 단계적으로 확대하고, 일반 연구·인력개발비 당기분 우대와 ‘중소기업 졸업 점감구조’를 도입하는 방향입니다. 본 글은 바뀌는 공제율과 적용 범위, 준비 체크리스트를 한눈에 정리했습니다.
1. R&D 세액공제 개요와 분류 체계
연구개발(R&D) 비용 세액공제는 기업이 연구 인력, 재료, 외주, 설비 등 혁신활동에 지출한 비용의 일부를 법인세(또는 소득세)에서 직접 차감해주는 제도입니다. 한국의 공제는 크게 일반 연구·인력개발비, 신성장·원천기술, 국가전략기술로 구분됩니다.
- 일반 연구·인력개발비: 대부분의 R&D 활동을 포괄하는 기본 트랙입니다.
- 신성장·원천기술: 신산업·핵심원천 분야에 대해 상향 공제를 적용합니다.
- 국가전략기술: 반도체·이차전지·백신 등 국가 핵심 분야로 최상위 공제를 적용합니다.
공제 방식은 ‘당기분(해당 연도 지출액에 대한 공제)’과 ‘증액분(과거 평균 대비 증가분 공제)’이 병행되며, 기업은 유리한 방식을 선택·병행할 수 있습니다.
2. 이재명 정부 2025 개편 핵심(공제율·범위)
핵심 : 공제율 상향(중소기업 우대), 기술·시설 범위 확대, 졸업 점감구조 도입, AI·방산 등 우대 신설 방향입니다.
| 구분 | 주요 변화(요지) | 근거/출처 |
|---|---|---|
| 국가전략기술 공제율 | 중소기업 40~50% 우대(보도 기준) 및 2025.1.1. 이후 지출분 적용 | 동아일보·다음뉴스 보도 종합, 기재부 세제개편 상세본 요지 확인 |
| 신성장·원천기술 | 중소기업 30~40% 구간 우대(보도 기준) | 헤럴드경제 보도 |
| 기술·시설 범위 | 국가전략기술 66→71개 기술, 사업화시설 54→58개로 확장 | 세특 블로그 정리 & 기재부 자료 |
| 일반 연구·인력개발비 | 당기분 공제 우대 및 중소기업 졸업 점감구조 도입(1~3년 20% / 4~5년 15% 예시) | 세특 블로그 표 정리 |
| 신청·안내 | 중기부 ‘2025 중소기업 조세지원’ 가이드 및 Bizinfo 안내 제공 | Bizinfo·중기부 공지 |
3. 신청 시 유의사항(증빙·분류·스케줄)
- 기술 분류 정확성 : 국가전략기술·신성장·원천기술 리스트 최신본 기준으로 분류해야 합니다. 개편 본문·별표 개정 반영 필수입니다.
- 비용 증빙 : 인건비, 외주·용역, 재료비, 임차료 등 항목별 구분·증빙 체계를 월 단위로 표준화합니다(Bizinfo 가이드 참고).
- 증액 vs 당기 : 과거 평균 대비 증가율이 높으면 증액, 지출 절대액이 크면 당기분이 유리할 수 있습니다. 연도별 시뮬레이션 권장입니다.
- 졸업 점감구조 : 중소기업 졸업 후 1~3년, 4~5년의 단계별 공제율 변화를 반영해 투자 타이밍을 조정합니다.
- 시행시점 : 원칙적으로 2025.1.1. 이후 지출분부터 확대 규정 적용이 전제됩니다(세법·령 개정 반영 필요).
4. 중소기업 실전 전략: 예산·포트폴리오
- 기술 포트폴리오 리셋 : 기존 일반 R&D 중 일부를 국가전략기술·신성장 축으로 전환하여 상향 공제율을 노립니다.
- 연간 스케줄링 : 2025.1.1. 이후 지출분 적용을 전제로, 상반기 집중 투자·하반기 증빙 클로징 구조로 운영합니다.
- 증액 최적화 : 직전 2~3개년 평균을 기준으로 증가폭이 큰 프로젝트를 전진 배치하여 증액 공제를 극대화합니다.
- 졸업 시뮬레이션 : 향후 중소기업 졸업 가능성이 있으면 5개년 점감구조에 맞춘 투자·세액공제 현금흐름표를 미리 작성합니다.
5. 케이스 스터디 & 절세 시뮬
| 사례 | 상황 | 전략 | 예상 효과(요지) |
|---|---|---|---|
| A사(전자부품) | 일반 R&D 중심, 2025 투자 확대 | 국가전략기술 전환 + 당기분 공제 우대 적용 | 공제율 상향 + 세부담 절감으로 투자 재원 확보 |
| B사(AI 스타트업) | AI 모델·서비스 개발 | AI 우대 규정 적용 가정, 증액·당기 병행 | 보도 기준 40~50% 구간 기대(확정 본문 반영 점검 필수) |
| C사(중기 졸업 임박) | 졸업 후 공제 급락 우려 | 점감구조 반영한 5개년 투자·세무 계획 | 공제 감소 완충, 현금흐름 변동성 축소 |
- 실제 공제율·대상은 최종 법령·시행령·고시에 따르며, 기사·요약본은 방향성 확인 용도로만 사용해야 합니다.
6. 향후 로드맵 & 체크리스트
- 최신 별표 반영 : 국가전략기술·사업화시설 리스트 최신본으로 내부 표준코드를 업데이트합니다.
- 증빙 체계화 : 과제별 원가코드, 계약·검수·성과물 링크드(전자증빙) 구축(Bizinfo 가이드 준수).
- 뉴스·공고 모니터링 : 세제개편 보도, 중기부 조세지원 안내 정기 점검.
- 세무자문 : 법령 해석 이슈(분류 충돌, 위탁연구 요건) 사전 점검.
Q&A
- Q1. 우리 회사 프로젝트가 ‘국가전략기술’에 해당하는지 어떻게 확인하나요?
- 정부가 고시하는 세부기술 리스트(별표)와 사업화시설 범위를 대조해야 합니다. 최신 개정본 기준으로 키워드 매칭표를 만들고, 과제계획서에 해당 근거 조항을 명시하면 심사 대응에 유리합니다.
- Q2. 2025년 1월 1일 이전에 집행한 비용도 확대 공제를 받나요?
- 원칙적으로 확대 규정은 2025.1.1. 이후 지출분에 적용됩니다. 기사·자료에서 소급 적용 보도가 있는 항목도 있으므로 해당 분야별 근거 조문을 반드시 확인해야 합니다.
- Q3. 중소기업을 졸업하면 공제 혜택이 바로 사라지나요?
- 아닙니다. 졸업 점감구조를 통해 1~3년, 4~5년에 걸쳐 단계적으로 공제율이 낮아지는 모델이 제시되었습니다. 졸업 예상 시점을 기준으로 투자·공제 스케줄을 조정하세요.
- Q4. 외주·위탁 연구비도 공제 가능한가요?
- 가능합니다. 다만 위탁기관 요건, 계약·성과물, 검수·지급 증빙이 충족되어야 하며 Bizinfo·중기부 안내서의 세부 요건을 따르는 것이 안전합니다.
- Q5. 공제율은 보도와 실제가 다를 수 있나요?
- 그럴 수 있습니다. 최종 효력은 법률·시행령·고시에 의해 확정되므로, 보도 수치를 참고하되 신고 전 최신 조문으로 재검증이 필요합니다.
마무리
이재명 정부의 2025 세제개편안은 중소기업의 R&D 세부담을 실질적으로 낮추고 국가전략기술·신성장·원천기술 분야로의 전환을 촉진하는 데 초점이 맞춰져 있습니다. 핵심은 공제율 상향, 대상 기술·시설 확대, 졸업 점감구조입니다. 우리 회사의 기술 포트폴리오와 비용 구조를 최신 별표·가이드에 맞게 재설계하고, 2025년 예산·증빙·신청 스케줄을 월 단위로 띄워두면 절세와 성장 두 마리 토끼를 잡을 수 있습니다.
실제 공제율·적용 범위는 최종 법령과 시행령, 고시로 확정되므로, 신고 직전 기재부 세제개편 상세본과 중기부·Bizinfo 안내를 반드시 재확인하시기 바랍니다.