2025년 기업 세액공제, 달라진 내용과 절세 포인트 총정리

정부가 발표한 2025년 세제개편안은 기업의 세액공제 구조를 크게 손질했습니다.
반도체·AI·이차전지 등 국가전략기술은 이미 시행 중이며, 고용세액공제·지방세 인센티브는 내년부터 단계적으로 바뀝니다.
이 변화들을 이해하면 투자·고용 시점 조정만으로도 수천만 원의 세금을 절약할 수 있습니다.

목차

1. 정부 세제 방향과 주요 변화 요약
2. 투자·시설투자 세액공제: 즉시 적용 항목
3. R&D 세액공제: 확대 범위와 시기
4. 고용세액공제 개편: 적용 시점별 유불리
5. 콘텐츠·문화·물류 등 신설 공제
6. 기업별 절세 전략 체크리스트

1) 정부 세제 방향과 주요 변화 요약

2025년 세제개편의 핵심은 “첨단기술·R&D 중심 세제 강화”와 “고용 유지형 구조 개편”입니다.
34개 세액공제 중 12개 제도가 개편되며, 7개는 적용중, 3개는 예정, 2개는 검토중 상태입니다.

분야	내용	상태	시행
전략산업 투자공제	반도체·이차전지·AI 공제율 상향	적용중	2025.7.1 이후
고용세액공제 통합	‘증가’ 중심 → ‘유지’ 중심 개편	예정	2026.1.1 이후
법인세율	최고세율 24% → 25%	적용중	2025 과세연도

2) 투자·시설투자 세액공제: 즉시 적용 항목

2025년 7월 이후 투자분부터 기본 공제율 상향과 초과투자 10% 추가공제가 적용되고 있습니다.

• 적용중 — 전략기술 설비 투자 확대
• 예정 — 방위산업·AI 인프라·데이터센터 포함 검토

절세 팁: 3년 평균 대비 투자액을 초과시키면 추가공제 효과가 큽니다.

3) R&D 세액공제: 확대 범위와 시기

AI·자율주행·저전력 반도체 등 기술이 새로 포함되어 공제율이 대폭 상향되었습니다.

• 적용중 — 전략기술 R&D 공제
• 예정 — 디지털 인력양성 공제 검토

포인트: 인건비 외 임대료·실습재료비 등 간접비도 공제대상에 포함될 수 있습니다.

4) 고용세액공제 개편: 적용 시점별 운영요령

2026년부터는 고용 유지율 중심으로 전환됩니다.
현재는 인원 증가 시 공제, 향후는 복귀율·근속율이 반영됩니다.

• 2025년까지 — 인원 증가 중심
• 2026년 이후 — 유지율 중심 전환

전략: 2025년 증원 집중, 2026년 이후 근속 KPI 설정.

5) 콘텐츠·문화·물류 등 신설 공제

• 적용중 — 웹툰·출판 제작비 10% 공제
• 예정 — e스포츠 행사 운영비 10% 공제
• 검토중 — 지역 고용 연계 지방세 감면

6) 산업별 절세 전략 체크리스트

• 제조업 — 국가전략기술 항목과 설비 투자 매칭
• 바이오 — 시험·인증비 R&D 간접비 포함 검토
• AI·소프트웨어 — 과제명에 전략기술 용어 반영
• 콘텐츠 — 제작비 명세서에 코드 매칭
• 물류 — 물동량 기준 증빙 관리
• 지역투자 — 지방세 감면 조건 사전 확인

마무리

2025년 세제는 R&D·투자 인센티브 확대와 고용 유지형 세제가 동시에 진행됩니다.
지금 시행 중인 공제와 내년 시행 예정 항목을 구분해 전략적으로 활용하면 세부담을 최소화할 수 있습니다.

 

※ 2025년 10월 공개자료 기준. 세부 시행령 확인 필요.